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/ Hyper Stacks 1994 May / Hyper Stacks (Pacific HiTech)(1994)[Mac].iso / Science / Biology / Covariation Folder / sampleResults compensatory < prev   
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Text File  |  1990-12-05  |  9.3 KB  |  121 lines  |  [TEXT/MACA]
  1. Canonical Base-pairing Covariation Analysis - 12/5/90
  2.  
  3. FILE : Eliz:JWB stacks:covariation v2.3 ƒ:compensatory changes
  4.  
  5. Types of base-pairing allowed:
  6.   A=U  U=A  G=C  C=G  G=U  U=G
  7.  
  8. 100% match : *
  9. All but 1 match : +
  10. No match : .
  11. Not compared : -
  12. 100% match, but no variation : o
  13.  
  14. Eco UUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCG-ACCUUGAAAU-ACCACCCUUUAA
  15. Pae UGCUUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGCGUGGACGCCAGUUCGCGUGGAGCCA-UCCUUGAAAU-ACCACCCUGGCA
  16. Bst CGCUUGUACAGGAUAGGUGGGAGCCUGGGAAGCCGGAGCGCCAGCUUCGGUGGAGGCG-GCGGUGGGAU-ACCACCCUGGCG
  17. Bsu AGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCUUGGAAACCGGAGCGCCAGCUUCGGUGGAGGCA-UCGGUGGGAU-ACUACCCUGGCU
  18. Ani UGACUGCGCAGGAUAGGUGGGAGGCUAUGAGACUUUCCUUGUGGGGGAAGUGGAGCCA-ACGGUGAGAU-ACCACUCUGUCA
  19. Lin UGUAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUAUGAAAUCUGGACGCCAGUCUGGAUGGAGCCG-UCGUUGAAAU-ACCACCCUUACU
  20. Mlu GGCUUGUGUAGGAUAGGUGGGAGACUGUGAAGCGGGCACGCCAGUGUUCGUGGAGUCG-UCGUUGAAAU-ACCACUCUGGUC
  21. Ram UGUCUGUGUAGGAUAGAUGGGAGACAGAGAAGCGAGUACGCCAGUAUUCGUGGAGUCGGCCGGUGAAAU-ACCAUUCUGGGA
  22. Pce GAUCUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUAUGAAACCGGAACGCUAGUUUCGGUGGAGCCG-UCCUUGAAAU-ACCACCCUGGUU
  23. Rca GUGAUGUGCAGGAUAGGUGGUAGCCUUUGAAACCGUGACGCCAGUUGCGGUGGAGGCU-CCCUUGAGAU-ACCACCCUUCGC
  24. Pma GUUCUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAUCUCGGCGCGCCAGCGUCGGAGGAGCCG-UCCUUGAAAU-ACCACCCUGAAU
  25. Sam GGCUUGUGUAGGAUAGCUGGGAGACUUUGAAGCUCGCACGCCAGUGUGGGUGGAGUCG-UCGUUGAAAU-ACCAGUCUGGUC
  26. Tth CGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCG-CCGGUGAAAU-ACCACCCUGGCG
  27. ZmC UUCCUGCGCAGCUUAGGUGGAAGGCGAAGAAGGCCCCCUUCCGGGGGGGCCGA-GCCA-UCAGUGAGAU-ACCACUCUGGAA
  28. liC UUCUUGCGCAGCUUAGGUGGAAGGCAAAGAAGGCCCCU-UCUG-GGCGGUGGGAG-CA-UCAGUGAAAU-ACCACUCUAGAA
  29. toC UUCCUGCGCAGCUUAGGUGGAAGGCGAAGAAGGCCUCCUUCCGGGGGGGCCCGAGCCA-UCAGUGAGAU-ACCACUCUGGAA
  30. ChC UUCUUGCGCAGCU-AGGUGGGAGGCGUUGAUAAUUCUCUUCCGGGAGAGUUGGAGCCA-UCAGUGAGAGAACCACUCUGGAG
  31. CrC UUCUUGCGCAGCCUAGGUGGGAGGCUAUGAAGAUUACCUUCCGGGGUAAUUAGAGCCG-UCAUUGAGAG-ACCACUCUGGAA
  32. msk 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 111111111111
  33. ---+----------------------------------------------------------------------------------
  34.    |0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
  35.    |0000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888
  36.    |1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012
  37. ---+----------------------------------------------------------------------------------
  38. 001|-.........................................................-..........-...........+
  39. 002|--........................................................-..........-..........+.
  40. 003|---.......................................................-..........-.........*..
  41. 004|----......................................................-..........-........*...
  42. 005|-----o.o.oo...oo+.*o+oo.....oo............*+.......+*+o..+-.....o**o.-o..o........
  43. 006|------o.o....+...o......o.............+.+*..............o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  44. 007|-------o..o....o+.*o..o.....o.............*+........+.o...-.....o....-............
  45. 008|--------.....+...o........................................-....o.....-..+....o....
  46. 009|---------.o....o+.+o..o.....o..............+........+.o...-.....o.+..-............
  47. 010|----------...+...o........................................-....o.....-.......o....
  48. 011|-----------..+...o......o.............+.+*..............o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  49. 012|------------..............................................-..........-............
  50. 013|-------------.............................................-..........-............
  51. 014|--------------++..++.++.....++............+.........+.+...-.....++++.-+..+........
  52. 015|---------------..o........................................-....o.....-.......o....
  53. 016|----------------.o......o.............+.+*..............o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  54. 017|-----------------+........................................-....+.....-....*+.+....
  55. 018|------------------*o+oo.....oo............*+.......+*+o..+-.....o**o.-o..o........
  56. 019|-------------------.....+................+..............+.-.+..*.....-.+*..++*....
  57. 020|--------------------....o.............+.+*..............o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  58. 021|---------------------.....................................-....+.....-.....+.+....
  59. 022|----------------------....................................-....o.....-.......o....
  60. 023|-----------------------.o.............+.+*..............o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  61. 024|------------------------...............................+..-..........-............
  62. 025|-------------------------...o..............+........+.o...-.....o....-............
  63. 026|--------------------------................................-..........-............
  64. 027|---------------------------...............................-..........-............
  65. 028|----------------------------..............................-..........-............
  66. 029|-----------------------------.........+.+*..............o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  67. 030|------------------------------............................-....o.....-.......o....
  68. 031|-------------------------------...........................-..........-............
  69. 032|--------------------------------..........................-..........-............
  70. 033|---------------------------------................*........-..........-............
  71. 034|----------------------------------..............*.........-..........-............
  72. 035|-----------------------------------............*..........-..........-............
  73. 036|------------------------------------..........+...........-..........-............
  74. 037|-------------------------------------........*............-..........-............
  75. 038|--------------------------------------......*.............-..........-............
  76. 039|---------------------------------------....+........+.+...-.....+....-............
  77. 040|----------------------------------------....*.............-..........-............
  78. 041|-----------------------------------------.............+...-.....+....-............
  79. 042|------------------------------------------.+........+.*...-.....*....-............
  80. 043|-------------------------------------------...............-....*.....-.......*....
  81. 044|--------------------------------------------............+.-.+..+.....-.++..+++....
  82. 045|---------------------------------------------.............-..........-............
  83. 046|----------------------------------------------............-..........-............
  84. 047|-----------------------------------------------...........-..........-............
  85. 048|------------------------------------------------..........-..........-............
  86. 049|-------------------------------------------------.........-..........-............
  87. 050|--------------------------------------------------........-..........-............
  88. 051|---------------------------------------------------.......-..........-............
  89. 052|----------------------------------------------------......-....+.....-.....+.+....
  90. 053|-----------------------------------------------------...+.-.+..*.....-.++..*+*....
  91. 054|------------------------------------------------------....-....+.....-.......+....
  92. 055|-------------------------------------------------------.o.-.o..o.....-.o*.+*oo....
  93. 056|--------------------------------------------------------..-..........-............
  94. 057|---------------------------------------------------------.-.....o....-............
  95. 058|-----------------------------------------------------------....+.....-.......+....
  96. 059|----------------------------------------------------------------------------------
  97. 060|------------------------------------------------------------.........-............
  98. 061|-------------------------------------------------------------...o....-............
  99. 062|--------------------------------------------------------------.......-............
  100. 063|---------------------------------------------------------------......-............
  101. 064|----------------------------------------------------------------o**o.-o..o........
  102. 065|-----------------------------------------------------------------....-.o*.+*oo....
  103. 066|------------------------------------------------------------------...-.......*....
  104. 067|-------------------------------------------------------------------..-.......*....
  105. 068|--------------------------------------------------------------------.-.......o....
  106. 069|----------------------------------------------------------------------............
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  108. 071|-----------------------------------------------------------------------......o....
  109. 072|------------------------------------------------------------------------..........
  110. 073|-------------------------------------------------------------------------.........
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